В апреле 2008 года в борту карстовой воронки неподалеку от пещеры «Алексинская» киевский спелеолог Игорь Стефанишин обнаружил перспективный для дальнейших раскопок замытый провал.
Дальнейшие работы по раскопкам и прохождению выполнены усилиями Киевских спелеологов в период июнь-сентябрь 2008 года. Было проведено 4 экспедиции.
Итогом напряженных раскопок двух первых экспедиций стал прорыв 24 августа 2008 года во входную часть пещеры.
Пещера получила название «Мушкарова яма» по названию главной вершины - горы Мушкаров.
Первыми во входную часть пещеры вошли Ищенко Феликс и Ромасевич Артур. Дальнейшее первопрохождение выполнено группой в составе Ищенко Феликс, Стефанишин Игорь, Мусияченко Сергей, Ромасевич Артур и Кравченко Антон.
Две последующие экспедиции были посвящены картографированию пещеры и осмотру периметров. Была выполнена первичная топографическая съемка пещеры (Мусияченко С.Т., Мусияченко А.С., Радченко Т.В.). Длина пещеры составила около 500м.
В сентябре 2008 года вход обрушился и за зиму был замыт.
В мае 2009 года была организована пятая экспедиция. Вход был снова героически раскопан, очищены стены, установлены входные двери и намечены планы по дальнейшему изучению пещеры.
В июне - октябре 2009 года, в течение семи экспедиций была выполнена детальная топографическая съемка пещеры с применением современного оборудования и новейшей методики (А. Грачев. И. Стефанишин, В. Прохоренко, С. Мусияченко, В. Иващук и другие), В результате пещера «подросла» и длина составила 5050 м. Также была выполнена топографическая съемка поверхности, заложены реперы на поверхности и по всей пещере, сделана привязка реперов к пунктам ГГС (А. Грачев, Л. Грачева, С. Левицкий), выполнены геологические (В. Покалюк), геофизические (К. Бондарь) и физико-химические (А. Галаган) исследования.
Одновременно проводился детальной обзор периметру пещеры с целью поиска возможного продолжения. Впервые в истории украинской спелеологии был проведен поиск возможных продолжений пещеры с помощью георадара (В. Прохоренко, В. Иващук, И. Стефанишин). Проводились работы по обустройству входной воронки. В пещере были загорожены заповедные места, чтобы предотвратить их разрушение.
Конец 2009 года и почти весь 2010 год был посвящен раскопкам и инженерным работам во многих забоях в разных местах пещеры, пока в 30-ю экспедицию не состоялся первый ощутимый прорыв за периметр пещеры на севере в районе Ползунки (Я. Волненко, А. Синявский, В. Покалюк, Л. Гомарева).
В 2011 году работ в пещере проводилось не много. Но к сожалению, почти все забои, казавшиеся перспективными, заканчивались опасными выжимками мокрой глины.
В январе 2012 года в пещере значительно упала вода, почти на 3 метра. Открылся ход придонной части озера «Пірнання». Это дало возможность заглянуть в ранее недоступную часть пещеры. Первыми предприняли отчаянную попытку заглянуть в неизвестное С. Мусияченко и Д. Остапюк в 49-й экспедиции (февраль 2012 г.). Однако выяснилось, что хотя вода и упала, но без аквалангов дела не будет.
Вторая попытка состоялась в следующую пятидесятую экспедицию. Используя легкое водолазное снаряжение В. Наседкин и А. Климчук прошли под водой более 30-и метров. Наседкин попал в большой полностью затопленный зал, от которого отходили несколько галерей. Это место назвали «Море Доброй надежды».
В 55-й экспедиции выяснилось, что вода упала еще больше и стало возможным зайти в ранее затопленную часть пещеры без акваланга. Это дало возможность провести топографическую съемку новой части пещеры (А. Грачев, И. Стефанишин, А. Шаманская). По этим данным длины пещеры составила 5725 м. Таким образом, пещера Мушкарова яма вышла на седьмое место длиннейших пещер в Украине, обогнав пещеру Буковинка. Вместе с этим выяснилось, что место, где делали топосъемку не является морем Доброй надежды, это был совершенно другой зал!
В 56-й экспедиции Д. Остапюк смогла протиснуться в узкую щель, которую заметил И. Стефанишин в минувшую экспедицию. Щель вывела в огромный сухой зал с ответвлениями в разные стороны (Д. Остапюк, И. Стефанишин, С. Мусияченко). Район получил название «Санктум»
58-я экспедиция принесла еще один сюрприз, практически случайно в месте, мимо которого не один раз проходили, дабы проверить новый инструмент решили убрать небольшую высыпку. Забой этот не периметральный, поэтому особых надежд не было. Виднелась щель замытого почти под потолок хода. Убрали высыпку. Впереди открылась красивая своей перевернутой трапеции формой, чистенькая, как будто подметенная галерея, уходящая на север в темноту. Метров через 30 галерея закончилась резким вертикальным обрывом глубиной метров 6, там внизу чернела вода. Ход продолжался дальше на север в виде глубокого каньона.
В 59-й экспедиции был прокопан сухой вход в район «Санктум». В последующие экспедиции были заложены несколько забоев, проводились работы по благоустройству входа и входной части пещеры, выполнена топосьемка недоснятых ранее участков пещеры. Длина пещеры по состоянию на декабрь 2013 года составила 6200 м.
В 68, 69 и 70-ю экспедиции (сентябрь - ноябрь 2013 г.) были отсняты круговые панорамы в пещере, которые легли в основу виртуального путешествияa