Киндерлинская пещера находится в Гафурийском районе республики Башкортостан. Ближайший населенный пункт – деревня Таш-Асты. Пещера находится в 5 километрах к востоку от нее.
От Уфы нужно ехать на машине через Булгаково и Кармаскалы до поворота на Архангельское и повернуть на Кустугулово. Дальше по дороге Бакрак – Зириково – Некрасовка – Имендяшево. Последним пунктом выступает деревня Таш-Асты, добраться до неё можно либо пешком через мост, либо по реке Зилим. Затем пять километров пешком до входа в пещеру. Общественным транспортом добираться неудобно: сначала первым автобусом из Уфы до Красноусольска, из которого раз в день ходит автобус до деревни
Имендяшево, а далее до Таш-Асты пешком или автостопом.