Заповедник находится на крайнем юго-востоке Амурской области в пределах Архаринской низменности и отрогов хребта Малый Хинган. Основная территория – между реками Урил и Мутная от поймы реки Амур до железной дороги. Заповедник расположен в 37 км от поселка Архара и в 7 км от села Иннокентьевка. До станции Архара в поселке Архара можно добраться поездами, идущими по главному ходу Транссиба, либо поездом/автобусом из Благовещенска. Офис заповедника - пгт Архара, пер. Дорожный, 6, тел. (41648) 2-12-03, http://www.khingan.ru. Из Архары до самого заповедника можно добраться на транспорте заповедника с заказанной экскурсией либо на своем автотранспорте. Дорога плохая, так что ехать лучше на полноприводном автомобиле, особенно после дождей.