Пещера находится на территории Бурзянского района республики Башкортостан, в заповеднике «Шульган-Таш», в южном склоне горы Сарыкускан на правом берегу реки Белой. Ехать из Уфы можно либо через Белорецк, далее до деревни Кага и до Старосухомбулово, либо, если уж через Стерлитамак, то только через город Мелеуз. После Старосухомбулово ехать на Миндигулово по неасфальтированной дороге. Далее следовать указателям «Шульган-Таш». Удобно посетить пещеру при сплаве по реке Белой.
Поблизости от Каповой пещеры построена дорога, но въезд на территорию платный. Посещение пещеры также платное. Как правило, перед входом в пещеру выстраивается целая очередь туристов. При планировании поездки в пещеру учтите, что весной во время половодья вход в пещеру заливается водой и экскурсии на это время прекращаются.