Село находится в 438 км к юго-востоку от Горно-Алтайска, на берегу реки Чуи, на 890-м километре федеральной автодороги Р256 «Чуйский тракт» (М52). Дорога от Горно-Алтайска до Кош-Агача асфальтированная, очень хорошего качества. Село находится посреди полупустынной Чуйской степи, по которой можно ехать в любом направлении, как по дороге. В 15 км к северо-западу от села расположена вершина Табожок высотой 3201 м. До границы с Монголией от Кош-Агача — около 65 км. От села в юго-западном направлении идёт дорога в природный парк на плоскогорье Укок.